La situazione non è semplice, perché ci sono codec open source che implementano algoritmi brevettati e codec che utilizzano algoritmi liberi da brevetto. Il formato mpeg-2 del dvd è sempre meno utilizzato su internet e nel frattempo sono nate molte soluzioni alternative interessanti per la tv ad alta definizione.

Theora/Vorbis

Viene utilizzato come codec predefinito nel framework multimediale Freedesktop chiamato Gstreamer, si tratta di uno dei pochi codec utilizzabili libero da brevetto.
Non sarà il codec standard di HTML5, ma Firefox 3.1 avrà il supporto nativo a questo codec, quindi non bisognerà installare alcun plugin per vedere questo tipo di video.

La qualità di questo codec è stata messa più volte in discussione da Apple, ma anche da ambienti open source.

Dirac

Si tratta di uno degli ultimi codec disponibili, è sviluppato dalla BBC è open source e attualmente non infrange alcun brevetto.
Purtroppo il suo supporto su software per utenti finali è ancora limitato.

Potete generare il video Dirac di Big Buck Bunny seguendo questa guida. Per poterlo vedere avrete anche bisogno di VLC >0.92 o del plugin gstreamer0.10-schroedinger

Xvid/ogg o x264/aac

Nascono come versione open source dei codec Divx e h264, entrambi sono molto diffusi ma implementano algoritmi brevettati quali MPEG-4 ASP e h264. Quindi potenzialmente soggetti a royalty.

Benchmark, comparazione qualitativa e conclusione

Se volete comparare voi stessi le performance e la qualità di diversi codec citati potete scaricare il film open Big Buck Bunny in diversi formati.

Su internet si trovano diversi benchmark che comparano codec, allo stato attuale le soluzioni mpeg-4 sembrano essere quelle qualitativamente migliori e le più supportate da software di editing open (es. Avidemux).
Lo standard mpeg-4, però non è per tutti, ci va un processore sufficientemente veloce per non vedere il video a scatti, quindi un'altra alternativa può essere Xvid/ogg con il container Matroska (.mkv)